Das Immunsystem bildet Abwehrstoffe gegen Viren, Bakterien und Pilze. Ziel ist, den Körper zu schützen. Die Viren, Bakterien und Pilze werden in diesem Fall als Antigene bezeichnet. Die Antikörper sind für diese Antigene passend hergestellte Verteidigungsmittel. Sie können die Antigene erfolgreich zerstören oder "kampfunfähig" machen.
Das Immunsystem ist in der Lage, ein Gedächtnis anzulegen, welche Antikörper schon einmal produziert wurden. Kommt es zu einem zweiten Kontakt mit demselben Antigen, können sofort passende Antikörper gebildet werden.

Das Immunsystem besteht aus zahlreichen verschiedenen Blutzellen. Beim Morbus Basedow kommt es zu einem Ungleichgewicht der verschiedenen Zellarten und ihrer Botenstoffe untereinander. Diese Veränderung des Immunsystems bleibt auch dann bestehen, wenn die Symptome des Morbus Basedow vollständig verschwunden sind.

Bei Autoimmunkrankheiten "irrt" sich das Immunsystem und erkennt eigene Körperzellen als fremd an. Es bildet dann besondere weiße Blutkörperchen (Lymphocyten) und Antikörper, die sich gegen eigene Körperzellen richten und dort zu einer chronischen Funktionsänderung oder Zerstörung führen.